Участие в пищеварении: переваривание полисахаридов (пектин, микрополисахариды, гликопротеиды); участие в расщеплении непереваренных азотсодержащих соединений, мочевины; синтез некоторых незаменимых аминокислот; деконъюгация жёлчных кислот; детоксикация ксенобиотиков (лекарственные вещества, токсические вещества, консерванты).

Синтез витаминов: микрофлора — основной источник витамина К, витаминов группы В (цианокобаламин, фолиевая кислота, биотин, рибофлавин, панто-теновая кислота). Защитные функции;

- колонизационная резистентность: связывание с рецепторами и заселение слизистого слоя кишечника;

- синтез бактерицидных веществ: летучих жирных кислот, перекиси водорода, сероводорода;

- у конкуренция с транзиторной микрофлорой за питательные вещества и факторы роста;

- снижение внутриполостной рН;

- стимуляция местного иммунитета; выработка иммуноглобулинов и неспецифических факторов защиты (лизоцим, интерферон и т.д.);

- поддержание реакций клеточного иммунитета.

• Расширение наследственной программы: обмен регуляторными молекулами, фрагментами структурных генов с эпителиоцитами; обмен плазмидами и фрагментами структурных генов с другими представителями микробиоценоза.

• Обеспечение трофического гомеостаза: нормальная микрофлора кишечника является клеточным, метаболическим, иммунологическим и генетическим компонентом жизнедеятельности человека.